Star Trek: Deep Space Nine (DS9) sa zameriava na dobrodružstvá kapitána Benjamina Sisko v 24. storočí na vesmírnej stanici Deep Space 9, základni umiestnenej v blízkosti úst stabilnej červej dierky na ďalekej hranici skúmaného priestoru. Hoci Sisko prikazuje Deep Space 9, stanica v skutočnosti patrí obyvateľom neďalekého Bajoru, ktorí požiadali o ochrannú prítomnosť Hviezdnej flotily po tom, ako bojovníci za slobodu v Bajorane ukončili brutálnu Cardassiansku okupáciu svojho sveta. Približne šestina z 300 stálych obyvateľov stanice je personál Hviezdnej flotily; je tu aj značná prítomnosť bajorských milícií. Zvyšok obyvateľov Deep Space 9 sú civilisti, z ktorých väčšina pracuje na promenáde stanice, ktorá je akýmsi vnútorným trhoviskom. Spočiatku bolo Siskoovým mandátom od Hviezdnej flotily chrániť Bajor a stanicu pred všetkými nepriateľmi, ktorí sa pustili do tejto oblasti. S objavom červej diery - skratky v priestore, ktorá vedie priamo k nezmapovanému gama kvadrantu - sa však mandát Siska exponenciálne rozšíril, pretože región sa stáva bránou pre všetky druhy návštevníkov, priateľských aj extrémne nepriateľských.