Pokemon Origins sleduje Reda na svojej ceste cez región Kanta v jeho pokuse dokončiť jeho „Pokédex“ zachytením a katalogizáciou všetkých existujúcich Pokémonov. Po ceste zistí, že je viac pre seba a pre jeho ciele, ako si pôvodne myslel. Red bude musieť podrobiť seba aj svojho Pokémona testu v špeciálnych telocvičniach, ktorých vodcovia sú krokmi na ceste k pokémonskej lige, aby napadli elitnú štvorku a stali sa víťazom pokémonskej ligy. Okrem svojich cieľov sa stal majstrom , Red má iné problémy s varením. Existujú iní, ktorí chytia Pokémona a trénujú ho z viac zlovestných dôvodov, pričom jedným z nich je neslávna zločinecká organizácia Team Rocket. Ak ich Red dokáže poraziť, spoluobčanov, jeho súpera Green a divokého Pokémona cez Kanta, môže splniť iba svoj sen a doktor Ookido.